Situs Warungboto mulai dibangun oleh Gusti Raden Mas Sundara ketika menjadi putra mahkota Hamengkubuwana I sampai dengan masa pemerintahannya memerintah kesultanan.
Beberapa sumber primer seperti Tidjschriff voor Nederlandsch Indie, Serat Rerenggan, dan Babad Momana menyebutkan bahwa pesanggrahan ini mulai dibangun sejak tahun 1711 Jawa atau 1785 Masehi. Bangunan situs ini dibagi menjadi dua bagian, yaitu bangunan di sebelah barat dan timur Sungai Gajah Wong. Situs tersebut didirikan di sisi barat dan sisi timur sungai dengan memanfaatkan tangga bertingkat sungai, antara kompleks bangunan yang berada di sisi timur dengan bangunan yang berada di sisi barat sungai memiliki sumbu imajiner yang membujur dari timur ke barat. Selain itu, situs itu juga dilengkapi dengan kolam, taman, dan kebun layaknya sebuah pesanggrahan secara umum. Hal ini dikarenakan fungsinya berkaitan dengan kenyamanan dan ketenangan Sultan dan kerabatnya.